Alice Academy adalah cerita mengenai seorang anak perempuan berusia 10 tahun, Mikan Sakura, yang hancur hatinya ketika teman baiknya, Hotaru Imai, pindah ke sekolah khusus untuk anak-anak "jenius" di Tokyo. Mikan kabur dari rumahnya untuk mencari teman baiknya, dan segera menemukan sekolah tempat Hotaru pindah, Alice Academy, tempat anak-anak yang memiliki kemampuan spesial, unik yang disebut "Alice". Namun ia merasa bodoh sehingga tidak bisa diterima masuk ke dalam akademi tersebut. Tanpa disangka-sangka ternyata Mikan ditemukan oleh seorang guru bernama Narumi yang menemukan bahwa ternyata Mikan adalah seorang Alice.
Mikan memulai petualangannya dan menemukan banyak hal baru di akademi tersebut. Ia pun lebih bersemangat menjalani hari-harinya di Alice Academy karena ia telah menemukan teman baiknya.
Alice dalam cerita ini adalah kekuatan super. Di sini dapat ditemukan berbagai macam Alice seperti mampu menerbangkan benda, telekinesis, feromon, mengendalikan api, menetralkan alice lainnya, ataupun membuat ilusi.
